水苏糖是天然的双歧因子，最直接的功能就是调节肠道菌群，维持肠道微生态平衡。

肠道菌群形成于幼儿期，差不多在3岁时肠道菌群就趋于成熟了，与成人期无大区别。

肠道菌群受基因和环境因素的影响，与摄入饮食息息相关。

很长一段时间，人体肠道内的微生物菌处于稳定平衡的状态。

当遭遇压力、突发疾病、抗生素给药时，肠道菌群会有一个短暂的突变，后部分或全部复原。

老年人肠道菌群的丰富度下降，对干扰的复原力也会降低。

肠道菌群的稳定、平衡、以及对干扰的复原能力是由有益菌的数量，及菌群丰度所决定的。

临床试验、动物实验、体外实验均证实水苏糖能促进双歧杆菌和乳杆菌等有益菌的增殖，同时抑制肠杆菌、肠球菌等有害菌的生长，并降低肠道的pH值，增加肠道中菌群的丰度，稳定肠道的微生态平衡。 

臧凯丽等2018年开展了一项前后对照试验，研究对象为有肠道疾病或症状的人群，服用水苏糖后，研究对象的肠道菌群结构向正常人群的状态调整，菌群多样性和SCFAs表达水平提高。

Li T等2017年发表的RCT表明：与安慰剂相比，每天5克的水苏糖颗粒可有效调节健康成年人的肠道菌群。

当肠道菌群平衡被打破，人体就会出现腹泻、便秘、消化不良等胃肠道反应，稳定的肠道微生态、健康的肠道菌群直接关系到肠胃的生理功能。

因此水苏糖可以通过调节肠道菌群，调节人体肠胃功能、对腹泻和便秘进行双向调节。

已有临床试验、动物实验证实，水苏糖可以改善便秘患者、腹泻患者的胃肠功能。

Li T等、席昭雁等发表的RCT结果表明，与安慰剂相比，口服水苏糖可有效改善便秘患者的肠道功能，如排便频率增加、大便更软、大便更容易。

李晓军07年发表的临床试验发现，水苏糖联合蒙脱石散较单独使用蒙脱石散可以有效改善小儿迁延性腹泻。

肠道菌群在整个生命周期中对局部和全身免疫反应起着调节作用，健康的肠道菌群有利于维持对共生抗原的耐受性以及对病原体的免疫激活。

健康的肠道菌群可以有效地将某些饮食营养成分转化为代谢介质，一旦吸收到体循环中，就可以对炎症，胰岛素敏感性，合成代谢和抗氧化能力产生有益作用。

Xi M等2020年发表一篇动物实验研究结果，发现水苏糖能促进黏液曲霉和双歧杆菌的增殖，增加短链脂肪酸的水平，增加紧密连接蛋白（occludin和ZO-1）的表达，增加SIgA和白蛋白的水平，并降低脂多糖（LPS）、IL-1、6、17和TNF-α的水平。

18、19年陈小芳等发表的动物实验表明，水苏糖和二甲双胍均能降低小鼠空腹血糖水平，并改善口服葡萄糖耐受能力。

Li CN等2020年发表的动物实验表明，水苏糖联用黄连素通过调节肠道微生物和粪便代谢组学，比单独使用黄连素能更有效促进小鼠的糖代谢。

Liang L等2020年发表的结果表明，水苏糖可调节小鼠胰岛素、低密度脂蛋白胆固醇和甘油三酯的水平，从尿代谢组学分析中发现水苏糖通过调节能量代谢、肠道微生物群变化和炎症来发挥一定的抗糖尿病活性。

肠道微生物菌群同时也会对远离胃肠的远端器官的功能和病理生理产生很大的影响。例如，肠道微生物群失调可能参与痴呆、帕金森病（“肠脑轴”）、肝脏疾病、甚至抗癌（仅限于体外实验）；微生物组成还可能会不同程度影响骨骼肌萎缩症的发生（“肠肌轴”）。